Le principali configurazioni eMBR applicate nel trattamento delle acque reflue si possono classificare in:
  1. Unità elettrochimica esterna (di solito unità di elettrocoagulazione) che precede un bioreattore a membrana sommersa EC-SMBR (Figura 3, (a));
  2. Elettro-bioreattore a membrana sommersa SMEBR (Figura 3, (b))
L’EC-SMBR è stato utilizzato \cite{Kim_2010}\cite{Bani_Melhem_2012} per il trattamento delle acque reflue urbane, delle acque grigie e delle acque reflue di conceria. In questo caso, l’influsso viene prima trattato mediante il processo di elettrocoagulazione in un’unità separata prima della degradazione biologica e della filtrazione su membrana in un bioreattore a membrana sommersa convenzionale (SMBR). Nei SMEBR, i processi elettrochimici sono integrati con il bioreattore a membrana mediante l’aggiunta di elettrodi sacrificali all’interno di SMBR. Le prime acque reflue attraversano la zona di trattamento biologico per la biodegradazione, cioè tra la parete del reattore e l’anodo, quindi attraverso la zona elettrica (gli elettrodi) per subire alcuni processi elettrochimici e un ulteriore degrado e, infine, vengono filtrati attraverso il modulo di membrana per la rimozione dei solidi  \cite{Hasan_2014}